名前も知らない女の子に恋をしている

謎の地球外生命体ヒュドラーによって東京が壊滅した日本。
国のエリート養成機関国立大学を首席で卒業しヒュドラー対策本部・国立科学研究所に就職した竹宮吉野は、或る日仕事帰りに立ち寄ったケーキ屋で働く名前も知らない女の子に恋をする。
寝ても覚めても何を見ても思い出すのは彼女のことばかりだが、コミュ力はゼロ。相談できる友人もいないため唯ひたすらケーキ屋に毎日通う日々。
お客さんと店員。
永遠にその関係は変わらないと思われたが・・・。