覚醒のSecond　Life　～守護者の軌跡～

～全体ストーリ～
　生命体――〝インフルエンス〟によって衰退した世界。
　東京都跡地地下に存在する地下東京都市でインフルエンスと戦う対インフルエンス研究機構通称――〝ツバサ〟その中で欠陥能力者が集まった第零課。そこで室長を務める主人公――電軌優羽による物語り。
　嘗て四人だった第零課は優羽と幼馴染み兼、家族の真善美由愛（しんぜんびゆめ）の二人となっていた。そんな第零課に研究者、風魂（ふたま）フミの紹介で、姫乃日和（ひめのひより）が急遽配属された。何と、その少女は過去に優羽が救えなかった少女の細胞核によってフミによって生み出されたクローン人間だった。
　少女を救えなかったことで心に傷を負っていた優羽は姫乃との距離の取り方に悩む。帰るべき場所の無い姫乃を引き取るようにとフミに言われ、家族の一人となった。
　そして、ある任務で優羽は左手を失い生死にかかわる危険な状態に……。
　そんな優羽の命を救うためにフミは研究していたあるものを移植した。それは人の形を模したしたインフルエンスの腕だった。
　みんなが無事だったと安心したつかの間、地上と地下都市を繋ぎ支える五本の支柱エレベーターの内一本が崩壊する。その日から能力者と思われる仮面付（かめんつき）による事件が多発する。
　仮面付の正体が元第零課戦闘研究員の藍刃（あおば）・Ａ（アイリス）・麻子（まこ）だった。
　麻子は世界に十人しかいないOO（ダブルオー）ランクの候補に挙がった程の実力の持ち主。
　そんな麻子は百体以上のインフルエンスと共に都市を襲撃。
　第零課三人で麻子の目的を食い止める。しかし、特殊な力を有したインフルエンスが現れ優羽は絶望するもインフルエンスの腕を駆使して排除することに成功し、地下都市の崩壊の危機から逃れた。
　優羽は戦う為の絶対的な理由を見つけ、自ら守った日常をまた過ごす。