追放された王国軍師は、辺境の廃領地で最強の国をつくる

王国随一の天才軍師レオン・グレイヴは、数々の戦争を勝利に導きながらも、権力を恐れた将軍バルザックの陰謀によって反逆者の汚名を着せられ、処刑される。しかし、死んだはずの彼が目覚めたのは、処刑される五年前の世界だった。未来を知るレオンは、王国への忠誠を捨て、荒廃した北西辺境領の統治を引き受ける。
そこは食料も兵力も乏しく、住民が飢えに苦しむ見捨てられた土地だった。レオンは軍師として培った知識と戦略を駆使し、農地の再生、鉱山開発、産業振興、軍備の整備を進める。さらに、魔王セレナ、エルフのリーナ、聖騎士アシュレイらを仲間に迎え、種族の違いを超えた自治領を築き始める。
だが、領地の発展を警戒した王国と神殿は、次々と刺客や討伐軍を送り込む。レオンは地形や補給線を利用した巧妙な戦術で敵軍を撃退し、圧倒的な戦力差を覆していく。その過程で、神殿が人々の精神を支配し、生命力を奪っている事実を突き止める。
やがて、世界を支配する神々の正体が、古代文明によって製造された管理生命体であることが判明する。さらに、七度の時間遡行を経験した未来のレオンが現れ、世界が繰り返し滅亡してきた秘密を明かす。神々による支配を終わらせれば世界の魔力循環が崩壊し、放置すれば管理機構によって全生命が消去される。レオンは仲間たちと七つの補正機能を再接続し、世界の存続を懸けた戦いに挑む。
しかし、最終管理者アビスが覚醒し、世界の完全初期化を開始する。レオンは世界中の人々へ協力を呼びかけ、自由意思によって集められた魔力で管理機構へ侵入する。自らの生命を犠牲にして初期化を阻止した彼は、エリシアたちの尽力によって奇跡的に帰還を果たす。
その後も、戦争を誘導するバルザックの陰謀や、世界の魔力を消滅させようとする原初の魔王が立ちはだかる。だが、レオンは復讐や武力による支配を選ばず、対話と知略によって争いを終結させる。
王国には議会が設置され、辺境領の自治も正式に認められる。かつて追放された軍師は、王にも神にもならず、人間、魔族、エルフ、獣人が共存し、誰もが自らの未来を選べる国を築く。彼が目指した最強の国とは、強大な軍隊を持つ国ではなく、一人の英雄に頼らず、人々が互いを信じ、支え合いながら成長し続ける国だった。