超魔法少女サファイア

海に囲まれた町、星ヶ丘。そこに暮らす星乃みなもは海が大好きな中学二年生。
ある時、同級生の岬航太が拾ってきた不思議な貝殻を預かり、そこから出てきた不思議な生き物、イルと出会う。
イルは汚れた海、そして人間のエゴから生まれた深海帝国アビサルが深海獣を送り込んで地上を侵略すると警告する。そしてそれを止められるのはかつて絶滅した人魚族の血を引く人間が変身した「魔法少女」だけだと言う。その直後、町がアクア・ドームと呼ばれる現象によって海に沈む。
大好きな町を守るため、みなもはイルと契約を結び、人魚とトビウオの力を宿した魔法少女サファイアに変身する。
魔法少女サファイアと、深海帝国アビサルとの長い戦いが始まった……。