背神機関――人間兵器の少女と俺の一年間に及ぶ戦いの記録――

二〇六一年、日本。

国民の脳に存在する未使用領域を演算資源として利用する、生体統合式霊子コンピュータ『阿頼耶識』。

毎秒無量大数にも迫る演算を可能としたこの夢の超技術によって、日本は世界に先駆けて高度情報社会へと突入していた。

しかし、人間の脳をシステムに組み込んだことで、『阿頼耶識』は少しずつ異常を起こし始める。

やがて生み出されたのは、現実を侵食する異常情報実体――『天魔』。

『阿頼耶識』の管理と、『天魔』によって引き起こされる災害への対処を担う内閣特殊情報局。

そこで監査官として働く久瀬真邏のもとに、ひとつの辞令が下る。

唯一、『天魔』を滅ぼすことのできる少女――阿世知みくに。

十四歳の少女を監査・管理すること。

真邏は彼女の監査官となると同時に、匿名部署『背神機関』の一員として、みくにと行動を共にすることになる。

不思議な雰囲気を纏う少女に振り回されながら、真邏は彼女とバディを組み、『天魔』との戦いに身を投じていく。

だが、その戦いはやがて、日本の根幹を揺るがす『阿頼耶識』の陰謀へと繋がっていく。

なぜ、みくには『天魔』を滅ぼせるのか。

なぜ、真邏は彼女の監査官に選ばれたのか。

そして、『阿頼耶識』は本当に人類の味方なのか。

これは、救世主となる運命を背負った少女と、それに抗う男が出会い、世界を救うまでの一年間の記録。