孤独なヤクザとＪＫの見る、不透明な世界

十六歳のＪＫ、神村真弓は、小さい頃に母を亡くし、外交官の父は一年の殆どが海外勤務の為、孤独だった。ある日、友人が彼女の為にナンパした学ラン姿の男に、お笑い芸人の様な口調で拒絶されるものの、男に自分と同じ孤独を感じて後を追った先で、銃撃シーンを目撃してしまう。男はヒットマンの川藤武士だと名乗り、九年前に突然事故で亡くなった父の遺した借金のカタとして、礼司と言うヤクザに売られたという、壮絶で孤独な身の上を語った。そして、彼の深刻さを感じさせない関西弁と優しさに、真弓は次第に打ち解けていく。その出会いから一週間後、真弓の父、神村康夫が帰国するが、実は彼は外交官ではなく、警察庁の秘密組織員、国際麻薬取締官だった。そして老舗の帝京製薬が新型の麻薬を密造しているのを知った為、殺し屋から命を狙われていた。武士はその殺し屋の一人が自分だと真弓に打ち明け、上からの命令を無視して、康夫を他の殺し屋から守ると提案する。そして空港まで康夫を迎えに行った帰りの高速道路上で、追手と銃撃戦を繰り広げ、辛うじて神村父娘を守り抜くものの、その後真弓の制止を振り切って単独行動に出た康夫は、何者かに殺されてしまう。康夫は新型の麻薬を作らせている、本当の黒幕が誰なのかを知っており、情報の封印と真弓の安全を引き換えにする為、死に甘んじたのだった。
　暴力団同士の銃撃戦に巻き込まれ、不慮の死を遂げたとされる康夫の死を、不審に思った千葉県警の小林は、目撃情報から武士が彼らを守っていたことを知り、真弓を訪ねて、康夫が殺害されたと証明するには武士の証言が必要であり、彼が組織に抹殺されるのを阻止する為にも、逮捕に協力する様求める。だが、そんな真弓の前に礼司が現れ、武士を誘き出す人質として彼女は連れ去られる。武士は真弓を救う為にとある場所に向かうが、そこは帝京製薬が新型の麻薬を密造している研究施設で、彼はその麻薬の被験体にされてしまう。この施設で研究員をする山岸は、武士の情報から武士の父の死も、山岸の妻が植物状態になった原因も、実は帝京製薬の新薬の被験体にされた為だったと知り、武士に協力する。しかし礼司の仕業で彼は昏睡状態に陥るが、武士の居場所を突き止めた小林らによって保護される。意識を取り戻した武士は、小林らの監視をすり抜けて真弓の元に向かい、彼女に康夫が遺した情報から、本当の黒幕が誰なのかを知ることになる……。