死体を数える部屋――地震で崩壊した避難所。十三人が閉じ込められ、翌朝、死体が一つ増えていた。

　巨大地震により、市の指定避難所である旧総合体育館が崩落した。

　地下の備蓄室に閉じ込められたのは、市役所危機管理課の楢崎航、看護師の藤咲真帆、消防士、記者、元警察官、高校生、小学生、そして記憶の一部が曖昧な青年・高城ユウを含む十三人。

　救助を待つため、楢崎は生存者の名前を黒板に書き出す。

　だが、隣の器具庫に並べられた遺体を数えたとき、彼らは異常に気づく。

――
楢崎航――市役所危機管理課職員。避難所の安全を確認した責任を抱える男。
藤咲真帆――看護師。冷静に負傷者を救護するが、過去の災害現場での選別を悔いている。
沢村蓮――消防士。脱出口探索を担う、現場判断に優れた男。
砂原舞――フリーライター。避難所の補修不正と過去の事故を追っていた。
結城蒼太――地震工学専攻の大学院生。崩落構造と旧実験室の異常に気づく。
片桐周――元警察官。疑心暗鬼の中で秩序を保とうとするが、過去の取調べに悔いがある。
御子柴怜――IT企業勤務。監視カメラと非常電源を解析し、死体の謎に迫る。
高城ユウ――記憶の一部が曖昧な青年。避難所に存在してはいけない可能性を持つ。
北條克己――地元建設会社の社長。避難所の補修工事に関わった一族の人間。
田所美津子――避難所の管理責任者。過去の未収容者名簿を知る人物。
三輪シオリ――高校一年生。母と祖母が追っていた避難所の過去に向き合う。
小机タケル――小学生。大人たちが見落とす人数の違和感に最初に気づく。
駒田宗一――元理科教師。旧防災実験室と高城悠一の過去を知る老人。

　生きている者は十三人。
　死体は十四体。

　しかも翌朝、死体の手首には番号が書かれていた。
　一、二、三、四――。
　そしてその死体は、なぜか生存者たちの傷跡や秘密と対応し始める。

　これは殺人なのか。
　災害の中で起きた集団錯覚なのか。
　それとも、この避難所が過去に消した“数えられなかった死者”たちの記録なのか。

　出口のない地下で、十三人は選ばされる。

　誰を先に救うのか。
　誰を残すのか。
　そして、名前を消された者たちを、もう一度数え直せるのか。