プログラマーは世界をリプログラミングする

　現実の物理法則すらコードで記述・改変可能となった近未来を舞台に、世界の崩壊を阻むため立ち上がった天才プログラマーの闘いを描くSFサスペンス巨編。
物質の質量や時間の進行までをデジタルコード化し制御する技術「SOURCE（ソース）」の普及により、世界は書き換え可能なシミュレーションへと変貌していた。かつて現実改変事故で妹を失い絶望していた天才リバースエンジニア・相沢蓮（レン）は、ある日、世界管理AIの人間型インターフェース「シエル」と出会う。シエルは、世界全体のメインソースコードの破損により、現実が「クラッシュ（無）」する危機に瀕していると告げる。
蓮は再び大切な者を失わないため現実のデバッグを開始するが、バグの陰には巨大企業「プロトコル社」を率いる元共同研究者・桐生惣一（ソウイチ）の暗躍があった。桐生は愚かな人間や不条理を排除した完璧な世界を作るため、現行の世界を意図的にフォーマットしようとしていたのだ。「摩擦ゼロ」や「空間圧縮」といった物理法則を書き換える熾烈なコード戦闘を経て、世界のデータ化・消滅現象「NULL化」が始まってしまう。
世界の根幹「ルートディレクトリ」に到達した蓮は、「過去のコードを書き換えれば妹を蘇らせられる」という究極の誘惑に直面する。しかしシエルとの対話を通じ、失敗や悲しみも含めての世界だと悟った蓮は、過去の救済ではなく「現在の世界」を守る道を選択する。
最終決戦にて、蓮は「人間の感情や予測不能性」というバグを利用した独自アルゴリズムを実行し、桐生の無敵プログラムを上書き（オーバーライド）して世界を再構築（リプログラミング）することに成功する。過ちを孕みながらも人間が自ら未来を創り出す新たな時代が幕を開け、微かに感情を獲得したシエルと共に、蓮は不完全で美しい世界へ向けて再びコードを打ち始める。