JK、JC、コンカフェ嬢、それとギガントパピオン。

　母子家庭で育った漫画家志望の女子高生・燕雀寺萌音（えんじゃくじもな）は、あるとき巨大ロボ・ギガントパピオンに“使い手”としての素質を見出され、幼馴染の不登校中学生・不破千優（ふわちひろ）、偶然出会ったコンカフェ嬢・佐々木幸（ささきフォーチュン）とともに、突如現れた世界を侵食する災厄「界獣」との戦いに身を投じることになる。
　女子高生、不登校、コンカフェ嬢。立場も抱えている悩みも異なる三人の少女たちは、パピオンに乗り「界獣との戦い」という非日常を乗り越える一方、日常でも交流を深めて次第に互いの苦悩を分かち合っていく。
　やがて萌音はなぜ普通の人間である自分たちが界獣と戦うのか、どうしてパピオンが自分たちを選んだのかという疑問を抱くようになる。
　パピオンを操る役目を担う“使い手”と呼ばれる存在は、はるか昔から人から人へ受け継がれるかたちで時代を渡り、人知れず界獣から世界を守ってきた。
　そして萌音たちの生きる現代。
　界獣の親玉とも言える存在“核”が姿を現し、三人は最後の戦いへと臨む。
　戦いの最中に萌音はパピオンを介して過去に世界を守ってきた歴代の“使い手”たちの記憶に触れることになる。そこで萌音が目撃したのは想像していたヒーロー像とは程遠い、自分たち同様どこにでもいる普通の人間たちの必死な姿。そして行方不明になっていた萌音の父の姿もそこにあった。
　それを見た萌音は、ヒーローのような特別な存在だからではなく、利己的で醜い感情を宿す普遍的な存在だが、最後の最後には「壊す」のではなく「守る」ことを選べる人間だからこそパピオンは自分たちを選んだのだと結論づける。
　改めて結束を固めた萌音、千優、幸は見事“核”を撃破。
　三人は苦悩を乗り越え成長し、それぞれが生きる日常のなかへと帰っていく。