私たちは、閃光玉のような恋をした

この世に、特殊能力を持つ超人が誕生した。超人達は皆、軍に入ることを強制させられ、川神桜は月面にある、超人軍高等学校に通う高校生だ。しかし、川神は半年前、幼馴染の女子を夜に襲ってしまい、今年度限りでの退学と残酷で有名な研究所行きを言い渡される。そんな通告を受けて、川神は軍人なのに規律を守らずに日々を過ごしていると、ある日クリアという少女に出会う。クリアは世界最高峰の超人であるが、病を患い、余命僅かな少女だった。そんなクリアから、残りの人生、一緒に好きな事を好きなだけやって輝かやいた人生を送らないかと誘われる。川神はクリアの提案を魅力的に感じ、二人は軍務をすべて放棄して、やりたい事をやる日々を送ることを決意するのだった――――。