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科学と同等以上に発達し得る分野、『霊媒術』。それは、超自然的な物質『霊子』を操作し、局所的に物理法則の理を穿ち、瞬間凍結や起爆、毒素を生み、また人体に扱えば一時的に硬質化や変質化を自在に引き起こす術法。
霊媒術を扱う霊媒師である芦原壱吾は、攻撃主体の術を兄に師事する中、裏の顔として公安部第零番書庫の一員として不毛な官僚ライフを満喫していた。
世の為人の為の霊媒術を軍事運用するという暴挙に四苦八苦しつつも、同僚の七瀬智哉や寡黙な兄で上司の芦原葵と日時軍事教練に励む。だが、そんな日々が穏やかな筈もなく――。