殺人機械『コード000』のドタバタ青春生活

山田リオ（コード000）。彼は物心ついた時から、人智を超えた身体能力と戦闘スキルを叩き込まれた、十八歳の「最強の暗殺者」だった。
組織にその身を捧げてきた彼を待っていたのは、用済みとなった『兵器』の処分――組織による無慈悲な裏切りだった。
数百の追手を返り討ちにし、満身創痍で逃げ延びた先。彼が力尽きたのは、女子高生・ユミの家の前だった。
ユミの家族に命を救われたリオ。
元特殊部隊員であるユミの父親は、少年の異能を見抜き、ある「秘密の契約」を持ちかける。
それは――ユミの護衛（ボディーガード）を務める代わりに、普通の高校生として潜伏生活を送ること。
だが、冷酷な殺人機械にとって、青春は戦場よりも過酷だった！？
賑やかな学校生活、初めての友人、そして翻弄される日常。
その裏で、リオは同じ暗殺者である『コード001』と手を組み、自分たちを狙う旧組織の殲滅へと動き出す。
初めて手にした「普通の日常」を守るため、最強の少年の熱い戦いが今、幕を開ける！