ＢＥＡＵＴＩＦＵＬ　ＲＯＳＥＳ　ＨＡＶＥ　ＴＨＯＲＮＳ～ＡＧＡＰＡＮＴＨＵＳ　ＳＴＯＲＹ～

涼恵は怜と小説を書くことが日課になっていた。涼恵達がモロツゥやトリストに狙われている中で距離が縮まっていき、恋人関係にまで発展した。
怜は涼恵を守るため、強くなると決意する。しかし、トラウマを思い出させる出来事が起こり怯んでしまう。そこにかつて自身と弟を助けてくれた「アトーンメント」が再び現れた。その顔を見た彼らは目を見開く。
二つの組織に狙われながらも、学園生活を過ごす彼女達に待ち受けている結末はどんなものなのだろうか。
アトーンメントの正体は一体誰なのか？学パロ涼恵編　怜ルート開幕――。