浦上四番崩れ
明治政府はキリスト教信者に対する迫害をやめなかった。明治政府は宗教政策について誤った判断を下した。キリスト教を宗教として認めることは、天皇を中心とした国体を脅かすと考えた。そして、キリスト教を「邪教」として排斥する宗教政策を実施した。
長崎裁判所は浦上切支丹問題を優先課題とし、切支丹を呼び出し、棄教を強要した。
「日本人は神の国の民である。日本国民は、いかなる宗教を信じようと自由であるが、唯一絶対の神のみを信じる邪教を信じることは許されない」
「天皇の支配を否定する教えは、断じて認めることはできない」
切支丹達は棄教を拒否した。
明治政府は江戸幕府以上に酷かった。浦上四番崩れと呼ばれる弾圧が起きた。明治政府はキリスト教を信じる日本人を捕縛し、牢に放り込んだ。
「おい！ あの家を調べろ！」
「はい」
「こいつ、切支丹じゃないか」
「捕まえろ！」
「待ってくれ！ 私は切支丹ではない！」
「黙れ！ 怪しい奴め」
「違うんだ！ 話を聞け！」
「問答無用」
「ぎゃあああっ」
明治政府の態度に対し、浦上村では激しい怒りの声が上がった。
「こんな馬鹿な話があるか！？」
「切支丹狩りなんて許せない！」
「断固反対するべきよ！」
「絶対に許さないわ！」
「私たちは、政府に屈しない！」
「そうだ！ そうだ！」
「政府の横暴を許すな！」
「そうね。政府に逆らいましょう」
「え？ 逆らうってどういうこと？」
「政府に反抗してやるのよ」
「まさか……それはまずいわ」
「いいじゃない。やろうよ」
「う～ん……。まあいいか。やりますか」
「皆の者、よく聞くのじゃ！」
「はい」
「今から我々は立ち上がる」
「おおっ」
「我々の敵は政府である」
「おおおっ」
「我々は政府の横暴を許すわけにはいかない」
「そうだ！ そうだ！」
「えい！ えい！ おー！！」
「私は神に祈って生きてきた。ただ、それだけだ。私の人生は、私だけのものだ。誰にも邪魔はさせない。たとえ、それが、どんな結末になろうともだ！」
明治政府に弾圧された切支丹は、このように言って、死んだ。信徒達は信仰を守り抜くことを誓った。それは、決してあきらめないという強い決意でもあった。明治政府の下で信仰を貫き通すということは、命を懸けて戦うということであった。
切支丹達による抵抗運動が始まった。彼らは官憲と戦いながら、布教活動を続けた。切支丹達が戦い続ける限り、その抵抗は続いた。
浦上村は戦いの舞台となった。その舞台で戦っていたのは、切支丹だけではなかった。この村には、多くの農民がいたのだ。彼らは、田畑を捨てて逃げ出さなかった。彼らは、自分たちが耕した畑を守るために戦った。彼らも必死だった。
浦上地区の切支丹は過酷な拷問を受け、三千人以上が流罪になった。流刑先で数多くの拷問・私刑を加えられ続けた。萩に流された信徒らは拷問石の上に正座させられ、棄教を迫られた。牢の中や流刑先で亡くなる信徒が多数出た。
欧米諸国は明治政府のキリスト教弾圧を非難した。
「日本政府はキリスト教を迫害している。これは許されないことだ」
「信教の自由を認めないのは野蛮国であり、文明国とはいえない」
「キリスト教弾圧を止めなければ条約改正に応じない」
欧米の圧力によって明治政府は一八七三年（明治六年）二月二四日に五榜の掲示を撤去した。しかし、これを禁教の解除とすることは正しくない。海外向けのダブルスタンダードであった。
「高札の文面は人民があまねく熟知したため、取り除いたもので、キリスト教を認める意図はない」
これが国内向けの説明だった。
「切支丹禁制の高札は下ろされたが、それは文明国家をよそおった表面的なものにすぎなかった。その後の明治政府は日清・日露という戦争への道をひたすら突き進み、国家主義が優先され、「信仰の自由」などあり得なった」（松尾龍之介『絹と十字架 長崎開港から鎖国まで』弦書房、2021年、311頁）
