最強の死霊降臨～美しき女死霊術師に死霊として蘇らせられた少年は生前プレイしていたゲームのキャラクターの力を手にして共にハルマゲドンから１億年後の世界を生き抜いて行く～

地球上から全ての生命体が消滅したハルマゲドンから１億年後の世界。

その世界で今死霊術師（ネクロマンサー）……死者の霊魂をこの世に呼び寄せ新たな器に留める力を持つ者の一人であるサラという女性がある死者の霊魂を呼び寄せる為の儀式を行っていた。

その儀式によって呼び出されることになるのはこの世界の死霊術師達にとって禁断とされているハルマゲドン以前にこの世に存在していたとされる者……終焉霊魂（しゅうえんれいこん）の一人である神霊魂（しんれいこん）という少年の霊魂であった。

魂（こん）は自身が生前にいた時代に流行ってた“NEVER FORGET YOUR SOUL！”という日本語で“お前の魂を忘れるなっ！”を意味する題名のＶＲＭＭＯゲームのプレイヤーで、そのゲーム内で魂（こん）はフィロソファーと言われる魔術師や召喚士系統の最上級クラスの職業に就く程の実力を誇っていた。

しかし魂（こん）には何故自身のようなゲーム以外何の取り柄もない当時１７歳の只の高校２年生だった少年をサラが呼び出したのかまるで見当がつかなかったのだが、その後なんと自身の身にハルマゲドンにより命を落とす直前までプレイしていた“NEVER FORGET YOUR SOUL！”のゲーム内の自身のキャラクターであった存在の力が受け継がれていることに気付く。

そして“NEVER FORGET YOUR SOUL！”のフィロソファーとしての力を得た魂（こん）は死霊として自身を呼び出したサラに仕えハルマゲドンより１億年後の世界で冒険に繰り出していくことになるのだった。