女の子になった俺に、君は恋をしてくれますか？

高校二年生の藤宮伊織(ふじみやいおり)は、同じクラスの九条綾乃(くじょうあやの)に想いを寄せていた。

勇気を出して告白するものの、返事は「ごめんなさい」。失恋した伊織だったが、その日の夜、双子の弟・千秋(ちあき)とともに原因不明の熱を出してしまう。

そして翌朝、目を覚ました二人は、なんと瓜二つの美少女になっていた。

病院で告げられたのは、身体の性別が変わってしまう奇病『性転換症候群』。しかも、元の身体に戻る治療法は存在しないという。

戸惑いながらも、家族に支えられ、少しずつ女の子としての生活を始める伊織と千秋。

やがて二人は女子制服を選び、学校へ復帰することになる。

そんな伊織を待っていたのは、かつて自分の告白を断った九条の、思いがけない反応だった。

男子だった頃とは違い、女の子になった自分を見つめる九条は、なぜか頬を赤らめていて……。

一度は失恋した相手との関係が、思いがけない形で少しずつ変わり始める。

これは、突然美少女になってしまった双子の日常と、思いがけない形で再び動き出す恋を描いた、甘く切ない学園恋愛物語。