宇宙終末旅行、銀河絶望の夜

大学をさぼり気味の大学生、木戸ジローは、気が付くと見知らぬ無重力空間にいた。
現れたのはメイド服を着た少女、レコア。レコアが言うには、ここは９０００年後の未来の「元祖大英博物館（自称）」らしい。そして地球がどこかは、もはや誰にもわからないという。

さらに現れたレコアの主人たるアドルは、ジローは用済みだから処分してしまえと言うが、レコアの取りなしにより、レコアのペットという扱いで妥協した。
ジローは、もしかしてここにいると命の危険があるのではと不安になる。

ジローは博物館の収蔵品の中から、銀河鉄道（？）を発見する。ジローにだけ反応して動く操縦システム。
その後、なんやかんやで、ジローとレコアは銀河鉄道に乗って元祖大英博物館から逃げ出すことになり、そのまま宇宙旅行に出かける。

９０００年後の未来で、地球を探す旅が始まる。