Over Earth

この世界では 自然、生命などのエネルギーが塊になる。つまり結晶化される世界。人々はその結晶を活用し役立てていた。
しかし、この限りなく溢れるエネルギーがどこから発生しているか定かではなかった。
ところが、エネルギーの暴走。通称「クリスタルインパクト」の大災害が起こり、エネルギーの根源のありかを探し出すことに成功した。
この世界に存在する四カ国の【アマダム】【グリード】【ガルマ】【ザント】はそれぞれ代表10人をエネルギーの根源の視察へと向かわせた。
ガルマの代表10人の中には「ミサト・アルティニアス」の父「キリヤ・アルティニアス」も選ばれていた。
キリヤはミサトに家で待っているように指示したが好奇心に逆らえず、幼き少女ミサトは、こっそりと後についていった。
多くの学者たちが根源を調べる中、2回目のエネルギーの暴走。通称「スペースインパクト」が起こった。
この出来事で25人が死亡。ミサトを含む16人が重軽傷で生還した。死傷者の中にはミサトを庇ったキリヤも含まれていた...

それから5年の間に生還した15人の人体検査が行われた。だが、検査ですむはずもなく、強制的な人体実験や人体解剖などが行われ15人のうちから5人が死亡した。そのことに恐怖したミサトは田舎にある父の実家に身を隠した。

実験や解剖の結果、15人には結晶エネルギー耐性がついていることがわかった。つまり結晶のエネルギーを人体に使い、強力な戦士が誕生するというわけだ。名を「クリスター」と呼ばれた。

一方四カ国は、根源をどの国が所持するかで揉めていた。どの国も根源の力に魅せられ、自分の国が力を手に入れることしか考えていなかった。
そして、しびれを切らしたアマダムはグリードに結晶エネルギーを使った戦士。クリスターを使い攻撃を開始した。
「結晶戦争」の始まりである。

戦いに参加していないが15人の中に入っていたミサトにクリスターの刺客が襲撃してきた。絶体絶命のピンチを迎えたミサトに一人のクリスターの青年が助けに入った。

しかしその青年はスペースインパクトにあった１５人の中のだれでもなかったのであった...