僕と彼女の{半径三メートル/デッドライン}

　人より優れた力を持つ異種族、吸血鬼(マント)と人狼(グレイ)がいる街、木(こ)黒(ぐろ)市に住む平凡な高校生、恋川矢神は、ある日雨が降る公園で異形の怪物に遭遇する。弱り切っている怪物を助けようとした矢神だったが、噛みつかれ、気を失ってしまう。矢神が目を覚ますと目の前には美少女が！　
　話を聞くと目の前の美少女、次萩まりやは異種族を殺す為に造られた生物兵器である皮剥人(スティーラー)という存在で、矢神はそれを制御する同調者(シンクロン)になってしまったという。同調者が三メートル以上離れてしまうと皮剥人は怪物の姿に変身してしまう。やむなく二人は共同生活を送ることになる。
　翌日から二人は盗まれた『変身を抑える懐中時計』を取り戻す為、噂になっている木黒市の二つの事件を捜査し始める。同時にまりやは矢神が通う高校に転校し、三メートルという制約に苦戦しながらも、普通の高校生として生活を送り、楽しみや喜びを知っていく。
　共同生活が始まり数日後、二人は生徒会長である梛摘が事件に関係しているのではないかと考え、彼女に接触する。この時まりやは矢神を守るため皮剥人となって戦い、梛摘と矢神を傷付け、自分も深く傷ついてしまう。それでも矢神はまりやを信じ、慰める。推測通り梛摘は吸血鬼だったが、事件には全く関係ない、群体(クラスタ)に属さないはぐれ吸血鬼(リンクレス)だった。捜査が振出しに戻る。事件について考えていたある日、二人は友人である剛徒と朱里に誘われ気分転換に出掛ける。その帰り道、朱里から貰った事件の手掛かりを貰い、二人は真相に辿り着く。
　夜、一連の事件の犯人である剛徒を追い詰める。だが剛徒は懐中時計を持っていなかった。ショックを受けるまりや。そこへ剛徒が所属する軍隊(フォース)の頭であるライアンが部下を連れて現れる。さらに敵は朱里を人質に取っている。絶体絶命の状況に梛摘が吸血鬼の部下と共に現れる。彼女は群体の女王だった。味方が加わり、まりやは皮剥人となってライアンと戦う。戦いの末、懐中時計もろともライアンを倒してしまう。そしてまりやは時計が壊れたショックで暴走する。暴走するまりやに対し、矢神は自分がいると叫び、まりやを抑える。
　翌日、まりやは時計を造った自分の母親なら、直せるかもと提案し、失踪したまりやの母親を探す手伝いをしてほしいと頼む。矢神はそれを快く引き受ける。