おっさんダンジョンマスター、死にたくないのでダンジョン統一始めます

転生した中年男性・佐々木は、小規模なダンジョン「クラウゼ」の地下三階にて新たにダンジョンマスターとなる。
ダンジョン統合時代と呼ばれる混沌の中、乱立する大小さまざまなダンジョンが互いにモンスターを送り込み合い、激しい生存競争を繰り広げていた。

案内人リリエの導きでダンジョンの構造や防御、罠を学びつつ、元勇者ミナを仲間に迎え入れ、三人でダンジョンを守るために戦う日々が始まる。
彼らは大手ダンジョン「マクスウェル陣営」からの圧力と降伏勧告を受けるが、佐々木は交渉を模索し、ミナは強硬に拒絶。
リリエはダンジョンマスターである佐々木が降伏すれば、転生者としての生命を失うことを告げ、三人の間に亀裂が生じる。

やがて内部で異変が起こり、モンスターの暴走や外部からの干渉の痕跡が見つかるなど、クラウゼはさらなる危機に晒される。
三者の葛藤と絆、そしてダンジョンの秘密を抱えながら、彼らは「生き残り」をかけた戦いの渦中へと身を投じていく。