永久不滅の救世譚歌（メサイア・コード）

突如現れた超常生命体《喰魔（イービル）》と人類の長きに渡る戦い。
通常兵器の通用しない《喰魔》を前に劣勢の攻防を続けていた人類だったが、《天師（イルミナス）》の起こした命懸けの奇跡――《救世譚歌（メサイア・コード）》により《喰魔》は一掃され、戦いは終わった。

――が、七年前。
《天師》を失った人類の前に、再び《喰魔》が現れる。

――人類に残された希望――
それは《天師》の加護の証である《天刻（マテリア）》を身に宿し、《喰魔》に対抗出来る超常兵器――《レゾナンサー》を顕現出来る者達だ。

《天刻》を身に宿した少年少女の集う、日本の《覚能者（リベレーター）》育成機関――越仁学園。
基礎科での一年間を終え、本科へ上がることになった皇城翔真は、ようやく《覚能者》の第一歩を踏み出した。