いい年なので魔法少女は卒業して魔法お姉さん始めました

魔法少女として4年間活動してきた星空かなえは、大学二年生のある日異常事態（イレギュラー）により発生したモンスターとの戦闘で仲間を失う。絶体絶命の状況を救ってくれた紅紅葉（くれないもみじ）により高次機関、通称「魔法お姉さん」の存在を知ったかなえは仲間や他の魔法少女たちのため魔法お姉さんとなり頻発する異常事態に立ち向かうことを決心する。

「魔法お姉さんにはさ、命を選ばなきゃいけないときがあるんだよ」

曲者ぞろいの魔法お姉さんたちと共に、少女を卒業したかなえの戦いが今始まる。