新・帝都東京戦線

　十年前に当時の東京を襲った「旧都大怪災」。それは半透明の体を持った未確認生命体「地幻獣」が続々と人間を襲い命を奪った凄惨なものであると同時に、東京から首都機能を失わせ、日本という国を作り替えた。
　その大怪災を収めたのは日本防衛軍の五二三特別編成部隊という組織で、５―２―３特別遺伝子配列を持ち、特定の物質や事象を操ることのできる人間で構成されたものであった。
　その後の研究により、旧都・東京に再び地幻獣が現れる確率はゼロではないという結果が出ると、日本政府は五二三特別編成部隊を独立させ、居住困難区域となった旧都を守る通称アルテミスという団体を作った。
　ある年の、七月五日。それは旧都大怪災から十年が経つ日であり、アルテミスの入団試験の日でもあった。新都・大阪から来た瑞城祥雲は会場で大怪災以前に親しかった幼馴染、晴姫と再開するが、とある赤髪の女の策略に巻き込まれてしまい、祥雲と晴姫はともに試験を失格になってしまう。
　その後、二人に与えられた選択肢は新都に帰るか、旧都で生活しながら来年のアルテミス団員選抜試験を目指す旧都浪人になるか、の二択だったが、二人は各々の目的のため、旧都浪人になることを選ぶ。
　ふたりの知り合いでもあり、旧都で警察官として働く姫川優鵺は、そんなふたりの決意を前にして、彼らに翠翠飯店という名の中華料理店を紹介する。翠翠飯店は中華料理店を営む傍ら、独自のシステムで地幻獣出現を察知し討伐を行っている組織だった。ふたりは半ば流されるように翠翠飯店の仲間になる。
　一方で、祥雲には異変が起きていた。というのも、彼が旧都へ来た理由はアルテミスで働いている音信不通の母を探しに来たというものだったが、その母に関する記憶がだんだんと薄れてきているのだ。
　異変を感じつつも晴姫と共に上司であるライトから課せられたミッションに挑んだり、地幻獣との戦ったりする中で徐々に変化していく祥雲であったが、ライトと翔榎がその調査に手を付けると、とある事実が判明する。
　その事実を確かめるために、アルテミスの秘匿された地下研究所へと乗り込むことになった翠翠飯店のメンバーたち。しかし赤髪の女・霧南の邪魔が入り、翔榎が相対する中、祥雲が誘拐されてしまう。とにかくアルテミスへと向かうメンバーたちであったが、そこには巨大な鯨の形をした地幻獣が待ち受けていた。