最強なのに地味すぎて追放された俺、気づけば美少女たちの戦争の中心でした

物語は、王国騎士団に所属する「地味」な男、ジーク＝アッシュが、その目立たない存在ゆえに騎士団を追放される場面から始まります。本人はいたって無関心で、ただ「静かに暮らしたい」という願いを胸に、辺境のデルタ村へと向かいます。

デルタ村で農作業に勤しみ、穏やかな日々を送っていたジークでしたが、その平穏は突如として村を襲ったBランク級ドラゴンによって破られます。しかし、ジークは自身の「影潜り」のスキルを駆使し、誰にも知られることなくドラゴンを瞬く間に無力化します。村では「黒影の剣士」という謎の英雄の噂が広まりますが、ジークは相変わらず静かに畑仕事に戻るのでした。

一方、王都では各地で発生する魔物による被害と、それらを解決する「黒影の剣士」の噂に揺れていました。かつてジークを追放してしまったことを後悔するリュミエル王女は、「黒影の剣士」がジークであるという確信を強め、彼を追ってデルタ村へと向かいます。 デルタ村でジークと再会したリュミエルは、彼への謝罪と自身の想いを伝えようとしますが、村の少女エナの登場によって告白は未遂に終わります。

その後、デルタ村は隣国の魔導軍による襲撃を受けます。人々が使う簡素な機械と対照的に、魔導軍は最新鋭の魔導具を駆使して村を蹂躙しようとします。ジークは村人を避難させた後、魔導軍の前に立ち塞がり、一切の殺傷をせずに彼らを無力化。 そこへ、ジークの力を知り、彼を連れ戻すために追ってきた王国騎士団副団長セイラ＝ヴァリアントが現れます。彼女はジークに王都への帰還を促しますが、ジークは「静かに暮らしたい」と拒否。結局、セイラはジークが戻る気になるまで、デルタ村に滞在することを宣言します。

さらに、学園都市の天才魔導士フィリアも、自身の魔法の「根源的な歪み」を解決するため、「黒影の剣士」の噂を聞きつけてデルタ村に現れます。彼女はジークに弟子入りを志願し、彼のシンプルな助言によって苦手としていた複合魔法を完成させ、ジークを「先生」と慕い、村に住み着くことになります。

こうして、王女リュミエル、騎士団副団長セイラ、天才魔導士フィリアという三人の美少女が、ジークの暮らす一軒家で共同生活を送ることになります。それぞれのジークへの想いが交錯し、家の中は朝食当番から夜の訪問権まで、穏やかでありながらも熾烈な「美少女たちの戦争」が勃発。