君と世界の終わり

　ある日小学六年生の「僕」こと悠人が目覚めると、街から人が消えていた。なぜそうなったのか、「僕」には何も思いあたるところはない。
　自分だけしかいない世界がいつの間にか日常となった時、「僕」はトトという少女に出会い、トトとの共同生活が始まる。トトをそれは運命的な出会いで、謎めいたトトに僕は徐々に惹かれていく。
　一方「僕」は中学生のナカノという少女にも出会うことになる。ナカノは世間知らずの「僕」やトトに生きるための手段を教えてくれた。
　「僕」、トト、ナカノの三人は「僕」の家で、人がいなくなってしまった世界で生き残るため、孤独な戦いを始める。しかし、この世界には陰謀が渦巻いていた。一体トトに隠された「真実」とは何なのかーー
　「僕」はそれをまだ知らない。