アルヌスの旭日旗

西暦2020年、8月の15日。東京五輪も終わったその日俺達陸上自衛隊所属第7小隊と第1小隊は新和歌山駐屯地から姿を消した。更に同日同時刻、航空自衛隊千歳基地から離陸した第3飛行隊及び第9飛行隊、そして横須賀基地を出航した第13護衛艦隊及び第2潜水群が消息を絶った。
その頃異世界の永久中立都市群〈ノアニール・マグナ〉は機械文明国〈スタイリシュア公国〉と魔法文明国〈アルタクルス帝国〉の2ヶ国に挟まれ窮地に立たされていた。そんな時に異世界の人間達が中立都市首都近郊の陸、海、空、その３つに出現する。そしてそんな彼らに初めて接触したのは学園都市の生徒達だった。自衛官と学園都市の少年少女の出会いは永久中立都市群だけでなく世界そのものを変えていく、超過科学技術（オーバーテクノロジー）を有した彼らはどこへ向かい何を為すのか？