たんぽぽの花は美しい

地球「セラー」
青く彩った美しきこの世界では資本主義・自由主義陣営の主体「ラメシア共和国」と共産主義・社会主義の主体「ビエトス連邦」の10年間の戦争(赤青戦争)により多数の地域・国が廃墟化する。

ラメシア共和国は戦況が不利になり、ビエトス連邦の首都「カスモ」に物資が運搬される海路を封鎖し、極秘部隊を浸透させ、連邦軍の主軸とる将校たちを始末する計画を立てる。
ラメシア共和国は戦争に勝つために、ビエトス連邦は戦争に負けないために、カスモと海を繋ぐ「アリナ公国」のシュレイク海峡では激しい攻防戦が相次ぐ。

ラメシア共和国の軍医、ヤンは戦闘兵力不足により、後方支援部隊から最前方部隊に配置され、シュレイク海峡攻防戦に参戦する。

しかし、同年冬、ビエトス連邦の奇襲攻撃により、シュレイク防衛軍は壊滅し、ヤンは雄一の生存者として廃墟街に残される。

廃墟街に残されて47日目。
ヤンの人生の転換点となる出来事が起きる。