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帝都事変(テイト・カタストロフ)と後の世に呼ばれる事になった大規模な天変地異により、帝都東亰と大部分の地域は地図上から抹消される事になった。カタストロフ以来、帝都と呼ばれた地は常識では考えられない事態が発生するようになり、事態を恐れた新政府は帝都周辺に不干渉結界「天岩戸(アマノイワト)」を発動させ物理的・霊的にも帝都からの出る事を不能にした。
帝都事変から50年つまりF・C(フロンティア・センチュリー)049年、事実上消滅した帝都と他の地域は以前とは異なる社会が構成されていた。旧帝都の土地にはネオ・フロンティアと呼ばれる国が成立し、エリアをフロンティアⅠ〜Ⅵに分かれて人は住んでいた。帝都事変後から現れる様になった異形の存在:悪魔、アルス・マグナと呼ばれる超人的な異能力を持つ人々、古代の神を名乗る存在の復活という異常事象の発生に対しフロンティアは「天津原」という教団を設立した。彼らは対異常事象について管轄する特殊な存在として組織される事になり、フロンティアの治安維持を務めていた。
幼い頃から教団に所属していた牧師:奏真(ソーマ)はとある任務に就く事になる。その任務がフロンティアの未来を大きく変える事になるとも知らずに…………