烏の鳴く頃は

　この世は戦国時代。次々と裏切り、謀殺される中、忍び達も裏切り、謀殺。Ｓ級の忍び果心居士は日吉丸（後の秀吉）に付いていた。
　桶狭間の戦いで十倍の敵の相手にする今川義元を織田信長は討ち取る。それにより信長、日吉丸を果心居士は推す。
　その時、足利義昭は明智光秀に上洛への協力する奴はいないかと提案し信長に矢が刺さった。そして足利政権復権になるが、徐々に義昭に対する信長は酷いとわかり反信長になっていく。　初めは削られていくが、和議と侵略を繰り返して遂に義昭を高野山に追放する。が影の王は殺害は光秀するように命じる。討ち取ったが信長の首をどれだけ捜したない。それは本因坊算砂が信長に言われて持ち出していたのだ。
　そうこうする内に秀吉と光秀は対峙するがあっという間に敗れる。また、秀吉は三法師を推す勢力と勝家は信長の三男・信孝を推す勢力がぶつかった。激しい争いで柴田勝家、お市、織田信孝を自殺と追い込む。
　そして秀吉と果心居士は京に居てる阿弥陀寺、本因坊算砂に遂に捕まるが、朝廷の勅願僧の清玉上人が居てた。清玉上人はどれだけ金銭だろうとも一度埋葬したものをまた掘り出すのかと猛烈に反対した。秀吉は去ったが本因坊算砂は清玉上人を疑う。しかし本因坊算砂は「物騒な輩とは縁を切っております」と言って去っていく。
　次は徳川家康と対決するが中々苦戦をし和議となると同時に真田昌幸も配下となる。
　最後な北条家は史上最大の豊臣家の籠城戦で幕を閉じる。
　一旦は長い戦いは終わったかに見えたが三法師が亡くなってから人が変わり、漢、明と外国に目を向けるが秀吉は急死して、家康は果心居士を説得に成功する。
　そして、豊臣秀頼と家康が激突するが大坂の陣では真田幸村は後一方まで追いつけるが惨敗。これにより徳川家の時代が幕をあけるが家康の急死。最後には徳川秀忠、母・西郷局、後陽成天皇、新らたな影の王の果心居士は影の如く消えていく。