【デウス・エキス・マキナの誕生】

世界は幾つもの線で進んでいく。
止まることはなく、終わることもない。
どこかで交わり、どこかで離れていく。
どこにも同じ世界はなく、常に違う世界は進み続けている。

誰かが願った。
「多くの人を救って欲しい。」と

少女は思った
「多くの人を救うのなら、少ない人を救うことはできないのか」と

世界は残酷であり、無慈悲である。
何かを救うときは何かを犠牲にしなければいけない。

まるでトロッコの分岐の様に。

主人公:神坐 奈子(かんざ なこ)は常に睡魔に襲われ、眠ると別の世界に送られてしまう。
彼女を救うために、人間は一体何をするのだろうか。