あらすじ（ネタバレ注意）
主人公の清里湧磨ははある日、オークションサイトにて『マイプリ』というキャラクリエイト系ゲームの全裸ＭＯＤを競り落とす。すると、落札したその商品を、中学からの同級生であるアリシア・Ｋ・ワーズワースが湧磨の自宅へと持ってくる。混乱する湧磨に、アリシアは湧磨の欲望の強さを見込んで、闇オークションに興味はないかと話を持ちかける。
その闇オークションとは、全感覚型のＶＲ技術を用いた仮想現実世界――『エクスマキナ』というサイト内で、入札者同士が戦って商品を奪い合うというものだった。半ば脅迫される形でそれへ参加すると、湧磨は思わぬ人物と対面する。それは湧磨が『マイプリ』で自らの『彼女』としていた少女だった。少女は自らをアルテと名乗り、また自分は戦闘用に作られたプログラムであると言う。
湧磨は戦えるはずもなくアルテに敗北するが、それを機にアルテは自らを女の子と扱う湧磨に興味を持つようになる。だがアリシアもまた湧磨に心を寄せていた。アリシアは中学時代から実は湧磨を好いていて、今回、湧磨を仲間に引き入れたのもそのためだった。
アリシアは湧磨の心がアルテに傾いていることを確信すると、湧磨を出品物として戦い(オークシヨン)を開き、アルテと戦わせてほしいと申し出る。アルテが湧磨を想っていようとも、自分の想いには及ばないことを証明したい。そう考えてアリシアが戦い(オークシヨン)を開くと、アルテが自らの使用者の指示なしに入札をしてくる。アルテはその戦い(オークシヨン)によって、自らの裡の感情を目覚めさせるが、それを制御できずに暴走、エクスマキナは壊滅状態に陥る。この事件のためにエクスマキナは無期限で再開不可能となってしまうが、プログラミング画面から湧磨がアルテに呼びかけると、サイトが内部から急速に復元され、湧磨はアルテと再会を果たすのだった。
