一〇〇〇日後に死ぬ母と、終末旅へ逝くギャル（あーし）1。

　宮崎の高校に通うギャルの少女恵比寿ミコトは、異様なものを見た。それは、町が人を襲うという光景だった。襲い掛かる町に、ミコト自身殺されるという瞬間、ミコトは過去の「神代」の世界で目を覚ました。しかもミコトが居たのは、神代に暮らす「みこと」という少女の体の中だった。
　みことの案内で、彼女の暮らすオノゴロ島を見て回るミコトは、神代の世界が穢れに呑まれつつあり、穢れから生み出される禍神によって、日に千人の命が奪われている事を知る。そして、同様の大量死「イザナミ現象」という謎の異変が、ミコトの暮らす現代でも起きていた。
　再び現代で目覚めたミコトを、禍神と化して襲い掛かる町から救ったのは、天原隠零というクラスメイトだった。翌日、再び神代で目覚めたミコトへみことが話したのは、別禍ツ神イザナミが穢れを生み出し、それを倒す事が出来るのが、みことのような「天子」と呼ばれる存在だった。
　現代へ戻ってきたミコトは、神代のみことの友人アマテラスの生まれ変わりが、天原だと知った。そして、過去に起こったイザナミとの最終決戦でみことは死に、その後悔を、天原は今も抱え続けていた。
　オノゴロ島を旅立つ直前のみことの中で目覚めたミコトは、これから先の未来に待つ「みことの死」を回避しようと行動するも、
「知っている…。イザナミを倒せば、天子は死ぬ」みことは自分の死を知った上で、イザナミを倒すために島から旅立った。
　海上のみことの前へ、イザナミが現れる。みことはイザナミと死闘を繰り広げるも、イザナミの攻撃によって、オノゴロ島は消滅。みこと自身瀕死の重傷を負う。
　みことに旅を辞めさせる事は出来ないまま、現代へ戻って来たミコトは、「現代のミコト」である今の自分に出来る事を考えた――その一つが、天原と「友達」になる事だった。
　神代での旅の終わり――一〇〇〇日目の今日。イザナミとの決戦の地に辿り着いたみことが口にしたのは、ミコトとの別れだった。そして、産まれたばかりの我が子を、神様の力で未来へ送り出したみことは、イザナミとの決戦に挑んだ――この時未来へ送られた赤ん坊こそ、神代（過去）から現代へ流れ着いた恵比寿ミコト。神代のみことは、ミコトの母だった。
　××年後の現代。地上は穢れに覆われて荒廃し、成長したミコトが、破壊された町中で向き合う相手は――イザナミと化して現代に蘇った、母親（みこと）だった。