魔法少女しか見えない怪物を、天才中学生が科学で観測してしまった

天霧市。どこにでもある地方都市の空に、ある日から「異次元虚界」と呼ばれる謎の空間の裂け目が現れ、そこから正体不明の怪物が出現するようになった。人々はそれらを「ヴォイド」と呼び、ニュースでは連日その被害と、それに立ち向かう“魔法少女”の存在が報じられている。

だが一般人の目には、ヴォイドの姿も、魔法少女に力を貸す存在もはっきりとは見えない。人々が目にするのは、ただ空間の歪みのような何かと戦う少女の姿だけだった。

天霧中学校に通う一年生、天原理久は少しだけ普通ではない。小学校の理科の授業をきっかけに科学に魅入られ、独学で大学レベルの知識を身につけ、東大理三の入試範囲すらすでに修了している天才中学生だ。しかし本人はそれを誇る気も発信する気もなく、周囲からは「テストでいつも満点を取る静かな秀才」程度にしか認識されていない。

ある日、理久が一人きりの科学部部室で次の知的好奇心の対象を考えていたとき、街に警報が鳴り響く。窓の外では、天霧中学校の二年生・星川澪が、誰もはっきりとは見えない“何か”と戦っていた。

人類の誰もまだ知らない現象。

それを解明できるのは、自分かもしれない。

そう考えた理久は、ネットで集めた情報と学校や家庭にある材料だけを使い、未知の存在を観測する装置――「位相観測眼鏡（フェーズグラス）」を作り上げる。

そのレンズ越しに彼が初めて見たのは、虚界から送り込まれる侵略兵器ヴォイド。そして、人間と契約して戦う星の種族アストラの端末生命体――ピクシスだった。

理久の発明によって、人類で初めてヴォイドとピクシスを“観測できる”人間が誕生する。

科学で未知を解き明かす天才中学生と、よくわからない敵と戦い続けてきた魔法少女。
二人の出会いは、虚界を巡る生存競争の均衡を大きく揺るがしていく。

これは、科学が魔法の戦場に介入する物語。