ムーンダストを君に

20XX年。突如発生した原因不明の未曾有の大災害により日本は壊滅状態になる。その直後、「聖帝」と名乗る異世界からの来訪者が現れる。そして、聖帝によって日本は七つの国に分けられ、異世界と融合させられてしまった。
それから三年経ったある日、神沢学園に通う一年の御剣桜花は先輩の小泉零珂に裏山の頂上に何か光る何かを見つけたと誘われる。そこには光り輝く岩があり、同じ学園の生徒の古川悠一、九条暁月、龍崎茉莉、柳叢智万と出会う。その直後魔物が襲われるが、突然現れた謎の少女リリーが御剣達に能力を授けることで魔物を撃退する。裏山での事態を知った首相補佐官の広末政士郎は御剣達を首相官邸に呼び、七聖帝の討伐の協力を頼み、御剣達の七聖帝討伐の旅が始まる。

一方、首相官邸に大災害の事が記された謎の手紙が届く。首相はすぐに刑事の芥川俊一に手紙の調査を命じる。芥川は部下の花澤未來と手紙を元に大災害について調査していくことになる。そこには3年前の大災害の真相、15年前の悲劇、そして全てを操る巨悪の存在があった…