【魂実装済み】人形使いの俺、お荷物と言われ軍をクビになった。俺だけの能力で魂を込めた魔巧少女に懐かれたので、彼女たちと楽園を作ります。〜え？軍の人形兵器が暴走したって？そんなこと言われても知りません

「お前はクビだ！　今すぐ、軍を出て行け！」

　ケイ・イズルハは、帝国軍の戦略兵器、魔巧人形（ドール）を扱う部隊に所属していたが、突然上官に呼び出される。
　横柄な上官の態度に、ケイの横に佇む小柄な少女、魂を与えられた魔巧人形フェネルが口を開く。

「どう見てもあなたの方が無能。役立たず・お荷物・ゴ——」
「ちょ……フェネルさん？」

　ゴミと言いかけたフェネルの暴言を慌てて止めるケイ。しかし、結局首にされてしまう。さらにフェネルを奪われ、引き離されてしまう。フェネルを寝取ろうと企てる上司によって。

　落ちこむケイであったが、隣国から来たというカレンという少女に出会う。
　カレンの国ではこの帝国と違い、魔巧人形に親しみを持つ者が多いらしい。

「ケイさんをスカウトします。我が国は、あなたを求めているのです」

　しかし帝都の闇は深く、黒い影がすぐそこまで迫っていた。
　その闇を払い、ケイはカレンの国に移住し、やがて少女の魔巧少女の楽園を作り——。

　一方、ケイを失った帝国は次第に没落していくことになる。