人格転移と最終存在

急速に発達した科学技術と神代の時代より受け継がれてきた魔術による大規模犯罪が頻発する近未来の日本。
政府は各省庁、企業の専門家や自衛隊、果ては魔術管理局所属の魔術師に宮内庁の魔人、異界の神までをも召喚し、大規模犯罪に対抗するため、内閣官房直轄の戦闘機関『護国機関』を創設。
そこに所属する"魔人"の少年、那岐剣は、ある科学犯罪組織から一人の少女を救う。
あらゆる科学技術の粋を結集して造られた機械仕掛けの神である少女、結城末妃奈。
彼女の力に目を付けた日本政府は、保護と引き換えに護国機関に所属することを彼女に持ちかける。
しかし、神に匹敵する力を保有するその身体は彼女の意思では扱えず、本来の能力の一割も引き出せない。そこで政府は"本物のカミの末裔"である剣に、戦闘時には人格転移装置を用いて、機械仕掛けの神の身体を運用するよう命令。
末妃奈や中央省庁の仲間達と共に、剣は多発する大規模犯罪に立ち向かう！