陰陽のかぐやさま

─妖を祓い、情念を断ち斬る！急々如律令！─

「竹取物語」の主人公として知られる言わずと知れた超有名なお姫様「かぐや姫」！
そんなかぐや姫はなんと…男だった？！
神にしか許されない不老不死の薬を誤飲してしまったことで神の怒りを買い、地上に堕とされた月の国の王子「輝夜丸」。
そんなこんなで「伏見神宝神社」で「迦具夜比売命」という神様として生きてきた輝夜丸。
そして現代、「高天ヶ原高等学校」に通う高校生達と出会う！
気の弱い兄と、大人しい弟の安倍晴明の末裔（双子）
沙門という猫又の式神を持つ賀茂保憲の末裔
葉双と呼ばれる笛を吹きこなす源博雅の末裔
錬金術師と十王の血を引き継ぐ青年
黒狐と人間の半妖の学長…
そして謎多き歴史教師の鴉天狗…
そんな、「見鬼之才」と「陰陽之力」を保持している高校生と輝夜丸は、「退魔師課外活動部」として、学長が長として束ねている、"妖怪から人々を守る"ために設立された政府の裏組織「内務省陰陽課」。
そして普段は普通の警察として活動している陰陽課直属の国家憲兵「検非違使」…
それらと関わりながら、妖怪を使役し、悪行を働き、"人間界を破壊し、妖怪の住みやすい世界を創る"ことを目論む「百鬼夜行」という組織とも接触し、己の世界を守るために、闘う。