銀河鉄道は天翔る

西暦2500年。異星交流の生命線、『銀河鉄道』がついに天の川銀河の辺境の星『地球』にもレールが敷かれた。地球人は異星人との文化交流を経て経済が加速。反重力車両が一般流通するなど技術発展も大きく遂げていた。
そして2518年。地球唯一の銀河鉄道の停車駅がある都市『ビギニング』は経済成長の中核となり、現在では首都となっていた。
星翔ケン(ほしじょうけん)はビギニングにある銀河鉄道について専攻して学習する、『銀河鉄道高等学校』に通う17歳であった。
そんなある日、友人3人と銀河鉄道の停車駅『ビギニングステーション』に向かい、銀河鉄道に思いを馳せていると
事件に巻き込まれて行くのであった…。