プロット（没）
＊０
穂香と梓の戦闘。
梓、大量のエグゼを連れてジェネレーターキャッスルを出る。
梓がいなくなった後、穂香が和沙の名前を呟く。
＊１ Boy meets girl.
世界情勢。
前世界的にエネルギー不足。
特に中東では石油資源を巡って紛争有り。
日本は独自にエゴ発電を開発し、エネルギー開発レースから離脱。その事を各国から非難され、日本が開発した電力船の設計図を格好に配布し、日本に立ち寄った場合、電力船への電力供給を無償で行うことに（日本電力スタンド）。
夢（内容はプロローグと同じ）。
父親に四の字固めを決められながら起こされる。小説家（伝奇物）の父のスランプ時の平常運転。
深界市、街の中央にそびえるジェネレーターキャッスルを眺めながら、和沙は学校へ。
途中で穂香に声を掛けられて廃工場の場所を聞かれる。
オカルト好きの友人である慎太（伝奇、オカルト好き）が新しい都市伝説（廃工場に出る化物）を仕入れたと喜んで話しかけてくる。
父親のネタにどうか。更にさっき遭遇した少女の話などをしながら歩いていると学校に到着。廊下で武司と遭遇。思い切り睨まれて、すっ転ぶ和沙。
体育の授業で隣のクラスとサッカー。
戦況を呼んで一番いい場所でボールを受け取る和沙。
二人ほどクラスメイトにパスを呼びかけられて、悩んでいる隙にボールを奪われる。
武司のシュートボールを顔面で受けて、ぶっ倒れる。「オラァ！ 死ね！」
眼鏡割れる。
夢の中で穂花が廃工場に辿りつく。
目が覚めると、聖からもらったお守りが熱を持っている。
学校帰り。
慎太と一緒にコミックを買いにデパートへ寄る。
本屋で武司と出くわす。手には警察官になるためのテキスト。
コミックに現を抜かす和沙に、そんなで警察官になることなんて本当にできるのかと睨まれる。
和沙が本当になりたいものは警察官ではなく正義の味方。
正義の味方にはどうすればなれるのだろう。
そんなことを考えていると慎太がオカルトな噂のある廃工場にいかないか、と誘ってくる。
穂花のことを思い出して了承。廃工場へ。
廃工場へたどり着くと猛烈な嫌な予感と共に穂香が化物に襲われるイメージに襲われる。同時にお守りが再び熱を持つ。
嫌な予感に誘われるまま廃工場の中へ入っていくと倒れている穂香を発見。
助け起こしたところでエグゼ（看守型）が現れて、廃工場が迷宮の牢獄へと変わる。
和沙が穂香を背負って逃げ出す。
穂香が意識を取り戻して自分を置いていくように言うが、和沙は言うことを聞かない。
やがてエグゼに追い詰められてしまう。
窮地に陥ったところで穂香が和沙からオルタを取り出し、エグゼを撃退。そのままオルタに封じ込めて回収。
感謝する和沙たちを穂香が口封じのために殺そうとするが、直前になって和沙が誰なのか気付く。
殺すのをためらっていると、凛音がやってきてオルタを奪われる。
そのまま逃げだす穂香。
和沙たちが凛音に礼を言う。
凛音の顔をまともに見て、昔聖と一緒にいた女性であることを思い出す。
＊２ Boy seeks girl.
化物――エグゼを倒してエグゼケージにて回収。
説明を求めると凛音が説明してくれる。
和沙たちを襲った化物はエグゼと呼ばれる超常存在。
深界市の中央にあるジェネレーターキャッスルは特殊な発電施設であり、その発電方法のせいでエグゼが街に集まってくる。
凛音はそれを倒して捕獲する新日本電力会社のＥＥＥに所属している。
聖のことを聞こうとしたところでメモリイレイザーを使われる。
夢。
五歳の頃、この街に引っ越してきて探検。猫を見つけて追いかけていると迷子に。
猫がガラの悪い少年（高校生）にぶつかって彼が飲んでいたジュースが服にかかりキレられる。
猫を庇って和沙が涙目になっていると聖（当時中学生）が助けてくれる。
その姿が和沙には正義の味方の様に見える。
翌朝。
父親に叩き起こされて目を覚ます。
そこで凛音に会った後の記憶がぼやけていることに気付く。
聖のことを聞きたい和沙は凛音を探すことに決める。
学校に行って、慎太に昨日のことを聞くが、なにも覚えていない。
そこでメモリイレイザーが記憶に関する道具なのだと予想を立てる。
武司に凛音のことを聞くが、知らないと言われて睨まれる。
仕方なく一人で凛音たちを探すことに。
当然ながら凛音を探しても見つからない。
視点を変えてエグゼを探すことに。その為、オカルト好きの慎太に関係ありそうな話がないか尋ねる（最近オカルトじみた事件の数が増えている）。いくつかピックアップ。護身用に金属バットを購入してからめぼしい場所へ。
エグゼが少女を襲うシーンに遭遇。
和沙はとっさに助けるが、当然追いつめられる。
そこで聖のお守りが輝いてオルタが発動。初めて見るはずだが、何故か使い方がわかる。
オルタの足甲を手に入れて逃げに徹するが、エグゼに追いつめられてしまう。
殺されそうになり、凛音に再び助けられる。
和沙を助けた凛音は、再び現れた和沙に呆れてから、和沙の持つオルタが聖の物と同一であることに気付いて驚く。
それらの光景を穂香が離れた位置から見ている。
＊３ Traning day.
助けた少女の記憶を消して、和沙は凛音に連れられて彼女の所属するＥＥＥへ。
地下に通され、専用部署に辿り着いたところで警報。直後にエグゼに襲われるが、内部警備員（フルフェイスで顔は見えない）によって鎮圧される。
穴だらけになったエグゼを引きずっていく警備員。
一体ここでなにをやっているのか問われて、エグゼを使って発電をしているのだと説明される。
エゴ発電はコアと呼ばれる物質を使って行われる発電法、というのが表向きの説明。
正確にはコアとはエグゼの別称であり、捕えてきたエグゼを管理し、利用することでエネルギーを得ている。
わざわざそんなことをしている理由は、世界的にエネルギーが不足しているというのもあるが、エグゼを殺すのが非常に困難であるため。
エグゼは生物を超越した存在であり、切り刻んだ程度ではまず死なない。絶対に死なないわけではないが死ぬ方法は個体によって異なり、なおかつ複雑であることが多い。その為わざわざ殺す方法を研究するより、こうして拘束してエネルギーを抽出して弱体化させて拘束する方が楽。そして現状、そうする以外の方法がない。
深界市はエグゼ発生率が多い街だが、エグゼが集まってきているのではなく、エグゼが逃げ出しているから、というのが実情。
これらのことを発表しないのは、ただでさえ不安定な世界情勢の中でこれらをなんの対抗策もなく発表するのは危険とされたため。
上記の説明をEEEの統括部長、三上至から聞かされる。
そしてオルタを発現させることができた和沙にも外に逃げ出したエグゼを捕まえる仕事を手伝って欲しいと言われて、条件付きで了承。聖のことを教えてもらえることに。
早速凛音とペアを組んでトレーニングする。
聖と同じオルタであるため、聖がやっていたのと同じトレーニングを行う。
オルタナティヴリストでオルタを発動させて訓練。
シールドを持つドローンを数機飛ばして、それを追いかけて蹴り砕く。
本来聖は手甲も持っていたため、和沙の訓練では飛ばすドローンの数は少なめに。
一通り訓練を終えて、凛音から聖のことを教えてもらう。
聖もEEEで働いていた口。
聖もエグゼに襲われてオルタに目覚めた口であり、元々正義感が強かった彼女はエグゼによる被害者が出ないよう奮闘していた。
しかしあるエグゼが逃げ出した際、それを追いかけて死亡。その現場に和沙もい合わせており（その時の記憶は消されている）、和沙の持つお守りはその時聖から譲り受けたものだろうと言われる。
凛音の話を聞くと代わりに穂香について尋ねられる。
記憶に引っかかるものはあるが、和沙は何も知らないと答える。
トレーニングを終えて家へ帰る途中。
穂香と遭遇。
EEEへの出入りを止めるように言われる。
断ると実力行使で阻みに来る。
「腕の一本でも落とせば気が変わるかしら」
反射的に知らないはずの穂香の名前を呼ぶと、驚いて穂香が止まる。
その間にオルタを発動させて逃走する。
何故自分が彼女の名前を知っていたのか疑問を覚える。
その後、疑問を抱きながら一週間ほど訓練を積み、内部警備員の手を借りて、施設内に逃げ出したエグゼを鎮圧。
内部警備員に礼を言おうとして、割れたフルフェイスのヘルメットの隙間から凛音によく似た顔が見えて驚く。警備員は機械的な受け答えをして職務に戻る。
そこで警報。外でエグゼが活性化反応。
凛音に連れられて現場に出ることに。
凛音の支援を受けながらエグゼを倒すことに成功する。
襲われていた人間を助けることにも成功するが、そこで襲われていたのが武司であると気付く。
＊４ Boy waz lose.
和紗同様、武司も記憶消去処理ができなかった為、試しにオルタナティブリストを与えたところ、あっさりオルタを発現。
聖の死の真相を話し、聖の死の原因を知る。
聖が死んだのはエゴ教の暗躍によるもの（嘘の情報を凛音が信じている）。
そして最近、エゴ教により多量のエグゼがジェネレーターキャッスルから解放された。
最近待ちにエグゼは多いのはそのせい。
エゴ教の首謀者を掴み次第、強襲するため、その時には和沙と武司にも手伝ってもらう。
和紗、凛音と組んでエグゼの捕獲を行うことに。
仲の悪い二人に呆れる凛音。
基本取り合おうとしない武司。凛音は和紗から話を聞く。
武司は聖の弟。優秀だが傲慢であり、自分を目の敵にしている。
理由は和紗のせいで聖が死んだと思っている為。
和紗も記憶を失っているが、自分のせいで聖が死んだと思っている。
自分も武司も正義の味方のような聖に憧れており、今でもその気持ちは変わらない。
故に武司は和沙を憎悪し、和沙は武に引け目を感じている。
武司も自分も警官になろうとしていたが、理由が少々異なる。
和沙は聖がなるはずだった正義の味方になろうと思って。武司は警官になって姉の死の真相を調べるため。
そんなことを話していると、武司に呼び出されて模擬戦をすることに。
何故戦わなければいけないのか。
聖のオルタを受け継いだなら、その力を自分に示して見せろ。
和沙と武司で模擬戦。
聖のオルタを受け継いだからには負けられない。
しかし健闘するが和沙が負けてしまう。
負けて悔しがる和沙。
聖のオルタを受け継いだ以上、みんなを助けられるようになりたい。そのためにも強くなりたい。
凛音が和沙を強くすることを約束する。
＊５Lost benefactor.
放課後。
慎太の誘いを断ってEEEへ訓練に。
道中武司と遭遇。直後に二人の前に一人の少女が現れる。
エゴ教を名乗り、二人をエゴ教に勧誘する。
当然断るが、二人に日時を書いた名刺を渡す。武司は無視して攻撃。少女が消える。
残された名刺。武司と和沙がそれを拾う。和沙がEEEに報告しようとするが武司に止められる。明らかな罠。報告する必要もない。
今日は気が向かないと言ってEEEへ行くのを止める武司。
翌日の指定日。
朝から姿がなく、連絡も取れない武司。EEEへ行くが、やはり見当たらない。
嫌な予感がして凛音に相談すると、叱られる。上司に報告して、和沙と凛音が先行して助けに行くことに（遅れて三人ほど増援を送る予定）。
武司一人でエゴ教と接触。エゴ教の梓登場。
エゴ教は武司を再び勧誘するが、当然断る。
姉を殺した奴の仲間になんかなるか。しかしエゴ教はそれを否定。聖を殺したのはEEEだと言う。嘘だと断定して武司攻撃開始。
お手製の爆弾をいくつも投げつけ、オルタを使って奮戦。
しかし敵エグゼが三体もいたせいで一機に不利に。
そこで凛音と和沙が到着。
凛音はその全てを倒すが、伏兵のエグゼ二体によって殺される。和沙もオルタを損傷する。
武司も瀕死。和沙も窮地。友人を失う恐怖から和沙は聖を失った時の恐怖をフラッシュバックで思い出す。
和沙がエゴを開放。武司を糸の檻で隔離して、さらにオルタを使ってエグゼを倒す。
暴走する和沙のエゴ。和沙が殺されそうになるが、その直前にやって来た穂香がエゴを鎮静化させて事なきを得る。
穂香が姿を消し、増援に来たEEEの部隊に和沙と武が回収される。
＊６ Distrust of organization.
凛音が死んで一週間が経過。
和沙は一度エゴの力を発動したことで、自身のオルタも発動できるようになり、オルタ二つを使ってエグゼを圧倒する。
逆に武司は不調。
気遣う和沙に、聖のオルタは本当なら自分が受け継ぐはずの物だとキレる。
自分に寄越せと言われて、和沙も拒絶。
オルタさえ出して強行しようとする武司に和沙もオルタを出して応戦。叩きのめす。
仕様でオルタを出したため、二人ともオルタナティブリストを取り上げられて、一週間謹慎。
謹慎期間中、武司はお守りをオルタ化しようとするが、やはり思うようにいかない。
何故、聖のお守りは和沙には力を貸すのに、自分には力を貸してくれないのか。
一人で憤っていると、彼の前に梓が姿を現す。
謹慎開け。
喧嘩別れしてしまった武司のことも気になるが、連絡がつかない。
同じく穂香もずっと学校を休んでいる。
先にもう一つの気になることを至に聞きに行く。
オルタとはなんなのか。
先の戦闘で和沙から出たエグゼのような存在はなんなのか。
回答。
我々にもよくわかっていない。
だがエグゼと戦うには必要な力。ただオルタと比べてわからないことが多すぎるので、可能ならなるべく使わないようにして欲しいと言われる。
そして今後は武司とはなるべく接触しないようにして別のオルタ能力者と組むように言われる。
武司は色々と不安要素が強すぎる。
しかし今や貴重な戦力となった和沙を一人で行動させることはできない為。
業務もしばらくは外ではなく中で。
人をまるで物のように扱う様に和沙は疑念と怒りを覚えるが、文句を言う前に警報。新しくつけられたパートナーである叶と共に出撃する。
逃げ出したエグゼは鉄の塊でできた巨人。
内部警備員の力も借りて撃破に成功。
中から本体である、翼の生えた隻腕（先の戦闘で腕がもげた）の三目幼女を発見。
幼女が泣いているのを見て、和沙が衝撃を受けていると叶が迷わず幼女に止めを刺す。
抗議する和沙に叶は呆れ顔。
こうしなければ人類に被害が及ぶ。それに人類が生きていくにはこれらを拘束してエネルギーを抽出する必要があり、そもそも殺したところで死にはしない。
妙な正義感を抱けば凛音みたいに早死にするよ、と言われて狼狽える。
＊７ The betrayer.
泣いている自分を助けてくれた聖。
泣いている弱者を救うのが和沙にとっての正義の味方。
泣いている子がいたらそれを助ける。それが和沙にとっての正義の味方。
ジェネレーターキャッスルのエグゼは泣いていた。
エグゼとはなんなのか、エグゼは悪なのか。
正しさとはなにか、正義とはなにか悩む和沙。
答えを出せないまま日々を過ごしていると、穂香から連絡。
一人で会いに行くことに。
今まで姿を消していた理由はEEEの追跡から逃れるため。
EEEが穂花のことを狙っているようだが、穂花は一体何者なのか。
穂花は人間とエグゼの間に生まれた新型のエグゼ。
生物としては人間だが、存在としてはエグゼ寄り。
人間からオルタを取り出し、扱うことができる。もしくは倒したエグゼをオルタに封印して扱うことが可能。
オルタが破壊されるとエグゼは消える。
元々はEEEによってジェネレーターキャッスルに収容されていたが、エゴ教がエグゼを解き放った際に自分もジェネレーターキャッスルを出た。
ジェネレーターキャッスルを出たのはエゴ教の暴走を止めるため。
EEEと協力しないのはEEEを信用していないため。
EEEを信用していないのは自分を生み出したのがEEEだから。
ジェネレーターキャッスルの最奥にはプライマルエゴと呼ばれるエゴが封印されており、EEEはそれを使ってメインのエゴ発電を行ったり、非人道的な実験を繰り返している。
EEEは人間を人間と思っていない。
オルタ能力者はオルタを使いすぎることでエグゼを生み出す。
エグゼは人間の精神の中枢のような存在であり、それを失うことで人間は精神的な死を遂げる。
この間の和沙もギリギリだったことを告げられる。
だから死にたくなかったらこれ以上EEEと関わるな、と忠告される。
最初に自分を殺そうとしたくせに何故そんな自分を守ろうとするようなことを言うのか。
その答えを和沙は既にしているとだけ言い残して穂香はその場から消える（飛行型のオルタを使って飛んでいく）。
穂香の真意を掴めず、信用していいかどうか悩む和沙。
個人的にEEEを調べようと考える。
こそこそ動いていると侵入者警報。
チャンスと考えて深奥部へ。
そこでプライマルエゴを発見。
叶にばれて殺されかけるが、乱入してきた武司によって叶が殺される。その手には二本のオルタ。
自分と戦うように武司が求める。
＊８ Outbreak
二本のオルタを使われて圧倒される和沙。
二本目のオルタはエゴ教が用意したもの。
武司は和沙に駆って満足げ。とどめを刺そうとしたところで穂香によって邪魔をされ、さらに武司を殺そうとした穂香を梓が止める。
梓は目的の物を手に入れたと言って、武司を連れて撤退する。
和沙を守りたいならせいぜい自分を止めてみせろと挑発する梓。
梓が今回EEEを襲ったのは人間からエグゼを解放するための機械を持ち出すため。
発動にプライマルエゴの体組織が必要となるが、和沙がプライマルエゴの所まで行っていたせいもあって持ち出されてしまった。
機械の発動には四十八時間必要。それまでに機械を破壊する必要あり。
本来なら和沙に罰が与えられるところだが、そんな場合でないため、特例として罰は無し。
代わりに爆弾のついた首輪を付けられて、エゴ教へ攻め込むことに。
緊急事態であるため、穂香の外出も認められる（和沙と同じように首輪を付けられる。無意味ではないが効果薄）。
外に出ていた戦闘要員も集められて、エゴ教へ攻め入ることに。
和沙としても武司の真意が知りたい。
エゴ教はエグゼを信奉し、エグゼの開放を望み、自身もエグゼになることを解放の救いとする教義。
エグゼをもの扱いする新日本電力社を邪悪とみなして敵対している。
エゴ教はエグゼからオルタを作り出す技術を持っており、大量の偽物のオルタ能力者を生み出している。
今回、その教義を果たすために、EEEから機械を奪取した。
和沙は武司が何故そんなことをしたのか聞くためにエゴ教へ向かう。
そして理由いかんによっては彼を止めたいと考える。
覚悟を決めてエゴ教へ突入。
大量のオルタ能力者を蹴散らしながら前進し、武司と再び相対する。
＊９ Fallen ego
穂香と分断されて武司とタイマンを張る。
覚悟を決めた和沙。
そんな和沙の想いに応えるように聖のオルタもいつも以上に絶好調。
武司と接戦を繰り広げる。
何故こんなことをするのか。
理由はEEEへの復讐。
聖が死んだのはEEEを裏切ったせい。
EEEは非人道的な実験をしており、聖はそれを厭ってEEEを裏切った。そしてEEEによって殺された。
だからこれは正当な行為である。
だからと言ってこの街の人間からエグゼを生み出して、大量の死者を生み出していいことにはならない。
そう告げるが、どのみちエグゼの開放は遅かれ早かれ起こること、だったら気にするようなことではない。
どういう意味か問うと、それ以上を知りたければ自分を倒して聞き出せと言われる。
オルタナティヴリストにヒビを入れられながら、聖のオルタを使って空を駆ることで意表をついて武司を追いつめる。
とどめを刺そうとしたところで聖のことを思い出して、思いとどまる。
その隙を突いて武司が攻撃。しかし聖のオルタが解けて代わりにバリアーとなる。
驚いていると穂香が救援に来て、遅れてエゴ教の信者たちが武司を助けに来る。エゴ教の信者に促されて逃げる武司。
信者や意を倒して武司を追いかけて行くと、壁画のある通路に出る。
プライマル・エゴが神のように描かれている。
プライマル・エゴが自身の一部を他の生物に与えて生物が進化。人間が誕生する。
そして人間がエグゼとなり、プライマル・エゴの下へ集まっていく様子が描かれている。
通路を抜けると大量のエゴ教徒とEEEの隊員が戦っている。EEE優勢。
しかしそこでエゴ教の教祖が梓と共に現れ、号令をかける。
そこでエゴ教徒がEEEの隊員に取り付き両者からエゴが現れエグゼ化する。
EEE退院のエグゼに囲まれて窮地に陥る武司。
武司が窮地に陥ったところで和沙が無理にオルタを発動させたことでオルタナティヴリストが破壊。エゴが発動して武司を守る。
穂香によってエゴは封じられるが、再び和沙に助けられたことで武司の自尊心が限界に。
ブチ切れる武司を穂香が倒すが、乱入してきた梓によって連れさらわれてしまう。
追いかけて更に最深部に。
梓、武司に投薬して洗脳。
姉のことを思うなら、和沙を殺して機械を守れ。
和沙、武司と相対。
武司、エゴを発動。更に穂香にどうにかされないように、そのエゴに自身を取り込ませる。
＊１０ The will
武司を取り込んだエグゼが暴走して、更に他のエグゼを建物を破壊。
恍惚とした表情で建物の破壊に巻き込まれて死ぬ教皇。
さらに武司を取り込んだエグゼは他のエグゼも吸収して巨大な繭を作り出す。
なんとか逃げ出した和沙と穂香。
しかし機械はエグゼの中。
機械を止めるにはエグゼをどうにかする必要がある。
それにあれが武司なら、自分が止めたい、と和沙は告げる。
繭を作ったなら、繭を破壊すれば本体にもダメージを与えられるかもしれない。なにより放置する方が危険。
和沙たちは繭を破壊しようとするが、梓がそれを阻む。
こんなことをしてなんになる。
人類が自分になにをしたと思っているのか。人間なんか滅んでしまえばいい。
穂香だって同じ思いではないのか。
確かに人間は悪い者も多いが、中には信用できる者（和沙や聖）もいる。
穂香が梓を止めている内に、和沙は繭へ。
繭に触れると、聖のお守りが輝きだし、中に取り込まれる。
武司の精神世界。
色々な物が取り込まれたことでしっちゃかめっちゃか。
和沙は聖のお守りによって無事だった。
この世界のコアである武司を探す。
姉である聖のことが大好きだった武司。
それを奪った和沙が気に食わない。
和沙は生前から姉に気をかけられていて、その死後もオルタと言う形で姉の庇護を受けている。
しかし自分には姉は力を貸してくれない。それが悲しくてつらかった。
お守りが反応しなかったのは武司に危ないことをして欲しくなかったから。
ちゃんと姉として弟のことを愛していた、と和沙と武司の持つお守りから武司に伝わる。
満足した武司はそのまま溶けていく。
「俺はお前のことが嫌いだ。だからお前はまだこっちに来るんじゃねえ」
聖のお守りを和沙に突き付けて、エグゼごと死ぬ武司。
現実に戻ってきた和沙は解け行くエグゼを必死で維持しようとする梓を穂香と一緒に倒す。
「エグゼは死なないわけじゃない。ただその死に方が個体によって違うだけ」
倒した梓から、人類の敵となる存在はEEEの至であると教えられる。
＊１１ The past
EEEへ帰還するも怪しい雰囲気。拘束される二人。
牢屋。
聖のお守りが一つになったことで、和沙は記憶を思い出し、さらに聖の記憶を垣間見る。
聖と凛音が組んでいた頃、本部で事故が発生。エグゼが暴れ出し、二人が対応のため向かう。
エグゼを無事鎮圧するが、実験施設で非人道的な実験が行われていたことを知り、その被験体である穂香と梓を連れて逃げ出すことに。
追跡部隊に追われて凛音がエゴの力でそれを迎撃、エゴの使い過ぎでエグゼ化が止められず、一人残って足止めすることに。聖は二人を連れて逃げるが、梓とは途中ではぐれてしまう。
唯一穂香を連れて施設を出て、和沙に遭遇。彼に穂香を預けて梓を助けに向かう。
和沙は穂香と数日を過ごし（昼間は学校。夕方に来て、夜も抜けだしてきていた。）、しかし聖がいつまで経っても返ってこないことが不安になって探しに行こうとしたところで、聖がやってきて、和沙たちに絶対部屋を出ないように言う。
戦闘が行われているのを知り、和沙は穂香を守るために果物ナイフで武装。
部屋に押し入ってきた追跡部隊に奮戦。
遅れて再び聖がやってきて追跡部隊を倒す。しかし倒しきれていなかった部隊員の射撃から二人を守るために抱きしめて、腹に和沙のナイフが刺さる。
そのまま三人で逃げるが、聖は限界が来て倒れる。和沙に自身のエゴを結晶化させたお守りを、穂香に一つ、和沙に二つ渡し、武司に一つ渡すよう頼まれる。
その後和沙は穂香を連れて逃げるが、あっさり捕まって記憶を消されてしまう（聖のお守りはその存在を隠匿するため不活性化していた）。そして何事もなかったかのように日常へ戻る。
和沙が過去を知ったところで穂香が助けに来る（こういうことがあった時のために元々準備はしていた）。
＊１２ Artificial inferno
教会との戦闘でほとんどのオルタ能力者はいなくなっており、ほぼ敵なしの和沙たち。
そんな彼らを阻むのは凛音。
何故生きているのか驚く和沙に穂香が説明。
凛音派のオリジナルはすでに死んでおり、EEEでは彼女のエグゼを切り刻んでクローン体にそれを入れることで大量の凛音を戦闘員として運用している。
和沙の言葉で、調整が完全でなかった凛音は暴走。異形と化す。更に大量の凛音のクローンが投入される。
それらを殺して最深部へ。
そこでプライマル・エゴを蘇らせようとしている至を発見する。
三上至にこんなことを止めるよう言うが、至は止めない（正確には止められないのだが、心が壊れている至はその辺りがまともに判断できない）。
要領を得ない彼の言葉に、穂香が止むなく彼を殺す。
殺したところで、動画が再生。
至の死後に再生されるように設定されていた動画。
プライマル・エゴの復活を阻止することは不可能。一部の人間にはその復活を手伝うプログラムがされており、至もその一体。
至はプライマルエゴの復活を遅らせ、その間にエグゼに人の因子を可能限り残す、あるいは人間をエグゼに進化させることでプライマルエゴが復活した際の影響を緩和しようとしていたことを告げ、この動画を見た者が、その志を継いでくれるを祈る、との内容。
動画の直後に通信。
コアを寄越せさもなくば日本を潰す、と米中欧の連合軍から通信。
＊１３ End time
プライマル・エゴの端末たちにより、日本に多くの人間が集められた。プライマル・エゴが復活した際、それら全てをエグゼ化することで、後の全人類エグゼ化を円滑に進めようという算段。
エゴ発電という施設を作ったのも、それにより世界のやっかみを買い、集中攻撃をさせるため。
ミサイル攻撃を得愚で防ぐ。エゴの過使用により、エグゼ化が近い和沙。
他国からの侵攻をエゴを使って止めようとするが、穂香に止められる。
それから何故穂香は梓のように人類が死ぬことを望まなかったのか尋ねると、聖と和沙がいたからだと言われる。
人間も捨てたものではない。和沙のような人間がいる限り、人間は守る価値がある。だから自分に守らせて欲しいと言って和沙を気絶させて、安全な部屋に放り込み、一人で戦いに赴く。
梓から回収したオルタも使って一人で奮戦する梓。
しかし一人で勝てるわけもなく、プライマル・エゴも復活して大量の人間が死にエグゼが生まれだす。
そこに人を辞めた和沙も姿を現す。
＊１４ After time
夢の中、自分にはなにもできないと悩む和沙。
正義とはなにか。
そもそも自分がしたいことは正義七日、グチャグチャと考える。
そこに聖と武司の姿。
和沙は色々無駄に考えすぎ、自分のやりたいようにやればいい。それを行うのに力が足りないなら、自分たちが力を貸すと言われる。
目を覚ます和沙。
和沙は全てを救うために行動を開始する。
エゴと一体化して地上に出て、更に聖のお守りを取り込んで進化。
プライマルエゴと怪獣大決戦。
プライマル・エゴをぶちのめした後、自身の体をバラバラにして、抜け殻となった人間たちにエゴを与える。
穂香にもエゴを与えると共に、自身の意思を伝える。
全てを穂香に任せて自身は消える。
数年後。
エネルギーは節約し、現れたエグゼをしばく穂香。
エグゼと意思疎通して連れていく。
エグゼと人が共生できる世界ができるまで頑張ろうと和沙から託されたコアを手に握る。
