魔法少女は悪魔のシモベ

高校の入学式の日、女性のような容姿に悩む新入生の少年、秋山湊人は、理科準備室にて裸で奇妙な実験をしていた少女、黒藤神楽と出会う。
学校の生徒会長を務める神楽は、裸を見られた代償に湊人を無理やり生徒会メンバーに迎え入れた上、学外で活動する魔術同好会へと勧誘する。
生徒会としての活動の一環として行っている、教師に相談できない内容の問題を解決する神楽は、生徒からの相談の裏に魔術の痕跡を見つけ、魔術同好会として、使用されたであろう魔術の実験を行っていた。
その実験の事故に巻き込まれた湊人は、性別が女性へと変化してしまい、以後、女生徒として通学することを余儀なくされる。

湊人を元に戻すため、そして、生徒相談の裏側に隠れる危険な魔術を止めるため、神楽と湊人は魔術師が起こした事件を調査する。