ダークネス・オブ・ソード・ストーリー

　主人公の少女ニリーアは、住み込みのメイドとして働いていた貴族の家で、キメラ生命体症候群（CLOI）にされ、追い出されることになってしまう。
　行く先を失った彼女を謎の男チェスコンが助けるが、彼もニリーアと同じくキメラ生命体症候群（CLOI）であったのだ。
　彼は地下組織・超越剣士[ビヨンド・スウォーザー]のリーダーであり、暗躍して都市を支配する組織[ゴーザ・ギルド]と対決していたのだ。
　今、超越剣士[ビヨンド・スウォーザー]となったニリーアの戦いが幕を開ける！