製図錬金術師と三種の神器

人口の減少、人件費の高騰、アジア諸国の台頭により急激な競争力を失った日本。このままでは日本の製造業は完全に息絶えるのも時間の問題。日本国政府はこの危機に本腰を入れ、まだ企業体力が残っている企業を中心とした新たな技術の開発を指示。日本再起に向け多額な税金を注ぎ込み画期的な技術が開発される。その中でもとりわけ目立った新技術がある。製図の図面から実際と同じ動作を行う物質を再現する技術、後に「製図錬金術」と呼ばれる技術である。
国内唯一の専門の学校「国立製図錬金術学園」に通う八神優斗は、製図錬金術の生みの親、八神克比古を祖父に持ち、学園内でも非凡な才能で頂点へと上り詰めていた。
ある日、父親から祖父の遺品整理を頼まれ、遺品である手帳にとあるメモ書きを発見する。
ペン、用紙、インクの３つの道具にそれぞれ特殊な機能が付加されており、ことあるごとに実験が行われていた事を知る。
優斗は学園の卒業間際のこの時期、その道具を探す事を決意する。