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今から20年前、東京都新宿区その中心に巨大な樹が突如として現れる。
時を同じくして、自らを新人類と名乗る『レイン』が人類への侵略を開始する。
彼らの持つ特殊な力に対抗するため、政府は極秘にとある組織を創設する。
レインと同じ様に特殊な力を持った人間達が集まり、対抗するために。
その名を、『Alice』。

これは、命の戦いを描く物語。