さあ、掃除の時間です

205X年の日本。

　この10年前に発生した『大暴走』と呼ばれる大事件の後、サイバー界(コンピュータネットワーク内の世界)から具現化技術（エンボディドメント）にて出現したエンボディドモンスター、略してエンボが出現し人々を襲うという災厄、いわゆる『エンボ禍』が発生している世界。

『スイーパー』と呼ばれる人たちがエンボを討伐し日々の生活を守っている。
そんな中、現実世界で魔法を呼び出すMAGICS（マジックス）と呼ばれる技術が生み出される。

MAGICS（マジックス）を開発することが出来る少年、司馬信二（しばしんじ）とその父親である祐輔（ゆうすけ）はMAGICS（マジックス）を操りスイーパーとなりエンボを討伐していたが、『ウォッチマン』と呼ばれるエンボに|祐輔《ゆうすけ》が殺されてしまう。

父親の敵討ちのため立ち上がる信二に協力する徒手空拳の使い手、本田望（本田望）の助力もあり『ウォッチマン』の討伐に成功するが、それはさらなる黒幕、『ザ・フール』の存在をあぶり出すに過ぎなかった。

日本刀の使い手、雨宮瑞穂（あめみやみずほ）とそのパートナーである銃の使い手、天童（てんどう）つばさ。高校生ながら重力操作理論をまとめあげた両津時子（りょうつときこ）らの参入もありながらエンボとの戦いを繰り広げる信二達の行く先は？