遥か昔に封印されし最強術師は頭だけ！？お姉ちゃんを名乗りたい首だけ術師と魔導学園生活の始まりです！

遥か昔、『宵闇の冥界神イザヨミ』が作り上げた、怪物が蔓延る『黄泉の奈落ダンジョン』。

「こんな地下奥深くの階層まで落ちるなんざぁ聞いてねえぞ！！」

足場が崩れて奈落の深層に真っ逆さまに落ちた、ソロの開拓者ハールト。 そこで彼が出会ったのは、稲妻を放つ巨大な結晶と、その中に封じられた――女の生首だった！？ その正体は、『黎明の天上神』と呼ばれし伝説の水と雷の女神様！

「お姉ちゃんと呼ぶのじゃ！」

身体を失った生首の女神様（自称お姉ちゃん）と、魔術が全ての時代に「異質な身体能力」で抗う元皇子。 二人は大陸中に散った女神の身体のパーツを取り戻すため、最高峰のエリート魔術学園にいざ編入！！

これは現代の魔術と、神代の霊術が交差する……はずが、だいたい姉弟漫才！？ 果たして頭だけのお姉ちゃんの身体は見つかるのか！？ 正体を隠して学園生活を送れるのか！？ ハールトの胃と、学園の常識が今日も破壊される！！