東京都祓魔高等専修学校

鬼の始祖である少女・鬼頭小夜子（きとうさよこ）は、相棒の大嶽丸（おおたけまる）と共に人里を離れ静かな生活を送ってた。

満開の桜が咲き誇る夜、2人の前に突如1人の男が現れ、怨霊を祓う存在"祓魔師"（ふつまし）になるよう告げられる。

『祓魔師にならなければ、大嶽丸を殺す』

半ば強制的に小夜子が連れさられた場所は、少年少女が祓除師になるために学ぶ、全寮制の高等専修学校だった。

人と触れ合うこともなく生きてきた小夜子は、仲間たちと関わる内に、人の脆さや強さを知り、次第に人間を愛するようになる。

そんな彼女は、怨霊から人を守るために祓魔師を目指すようになるが…。