誰がために空は色づく

大陸間輸送列車爆破事件。これに端を発した帝国と共和国の戦争。
失われた古代技術の模倣により、よみがえった自律機動人形兵器・オートマータ。その人形を行使する人形使いの青年・ユシュエルは、初陣で巨人にも似た帝国の新兵器が強大な力で敵味方を巻き込んで一掃するという光景を目撃する。衝撃に気を失い、再び目を覚ましたとき辺りに残っていたのは、自分と貸与された人形一体のみであった。ユシュエルは汎用型と同期するという荒業でなんとか敵地を乗り越え、基地へと帰還する。無事に戻ったのもつかの間、帝国の兵器の唯一の目撃者であり生存者であるユシュエルに、巨人についての情報を集めるという新たな指令が下る。
こうしてオートマータとともに、ユシュエルはさまざまな人間と出会いながら島に隠されている巨人の秘密を探っていくこととなる。