深海からの侵略

多目的海洋調査観測船「みこもと」は自律AI搭載型海洋調査ロボット「DORII」（Deep Ocean Reserch Independent Intergence）の試験航海に出発した。その頃米海軍は試作新型原子力潜水艦が試験航海の途上消息を絶ち、「みこもと」の所属する独立行政機構「海洋調査機構」に捜索の協力を依頼していた。急遽、予定を変更して捜索に赴いた「みこもと」とその搭載する深海調査艇たちが出会ったものとは？
そして、それによる全海洋の危機に「海洋調査機構」のメンバーが立ち向かう。