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20XX年、「日ノ本」改め「日本」。
混乱の時代を神と共に乗り越え、神の手助けを受けつつ、なんとか国を立て直す事に成功した国。
現代の日本人は最低でも1人1柱、または一体の神か精霊を身体に宿し、この世に産まれてくる。
主人公・宇津露　蓮（うつろ　れん）の通う高校「私立宿身高校（やどみこうこう）」に通う生徒は全員、大なり小なり「神」を身体に宿している。
人によって神の格…神格はピンからキリまであるが、次世代を担う「現人神」が通う高校で唯一、神を宿さない蓮は、周囲の生徒から「神無子（かんなご）」と揶揄されていた。
何も宿さない人間の存在自体が前代未聞だったので、管理が1番厳しい「宿身高校」に通う事になった訳なのだが…。