コノ花咲クヤ　The blooming flowers

2036年、日本は資源不足と人口減少に悩まされていた。そして、追い打ちをかけるように粒子病の蔓延により人口のおおよそが亡くなってしまい、国としての機能を失いかねない事態に。
そんな中、粒子病の影響により若者を中心とした一部の人間が新たな力——id(イド)に目覚める。
だが、時を同じくしてそのidに適応した人間を狙う未知の怪物——バグレッサーが現れる。
これに対抗するため、人々はバグレッサー対策組織としてEDEN(エデン)を創設した。

時が経ち2046年秋、普通の女子高生である花巻菜乃(はなまき なの)とその友人、桜田八重(さくらだ やえ)は不幸にもバグレッサーに襲われてしまい、逃げ惑う中で二人はidの力に目覚める。
菜乃は行方不明となっている姉を探すため、バグレッサーと戦うフラワーナイトとなることを決意するのだった。